| 子目名 | 著者 | 底本 | 叢書名 | 版本 | 所在分冊 | 索書號 | 館藏地 |
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| 难經本義二卷 附彙考一卷 闕誤總類一卷 圖説一卷 | (周)秦越人 撰 (元)滑壽 注 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 733 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 鍼灸甲乙經十二卷 | (晋)皇甫謐 撰 (宋)高保衡 林億 等校正 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 733 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 金匱要略論註二十四卷 | (漢)張機 撰 (清)徐彬 註 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 734 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 傷寒論注釋十卷 附傷寒明理論三卷 傷寒論方一卷 | (漢)張機 撰 (晋)王叔和 編 (金)成無己 注 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 734 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 肘後備急方八卷 | (晋)葛洪 撰 (梁)陶弘景 (金)楊用道 補 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 734 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 褚氏遺書一卷 | (南齊)褚澄 撰 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 734 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 巢氏諸病源候總論五十卷 | (隋)巢元方 等奉敕撰 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 734 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 備急千金要方九十三卷 | (唐)孫思邈 撰 (宋)高保衡 林億 等校正 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 735 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 银海精微二卷 | (唐)孫思邈 撰 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 735 | Z/10001 | 四楼国学馆 |
| 外臺秘要方四十卷 目録二卷 | (唐)王燾 撰 (宋)林億 孫兆 等校正 | 清文淵閣四庫全書本 | 景印文淵閣四庫全書 | 1986年臺灣商務印書館影印 | 736-737 | Z/10001 | 四楼国学馆 |